В самом Яндекс Директе фавикон разместить нельзя. Он подтягивается автоматически с сайта. Если даже он есть в корне сайта, система может не отображать его. Если замена фавикона не помогает - нужно ждать.
Еще лайфхак: грамотный фавикон привлекает внимание. Найдите в своей нише гигантов, и сделайте фавикон похожим на их, по цвету, дизайну. Но не копируйте. Например, если вы продаете строительные товары - сделайте фавикон как у леруа мерлен, зеленый и немного похожим. Из-за размеров можно легко спутать.
Но нужно быть осторожным: могут быть высокие отказы, т.к. люди ожидают одно, а получают другое. Во всяком случае нужно тестировать.
Хорошего вам дня и высоких конверсий)
К сожалению, сделать это в ручном режиме нельзя. Система автоматически подтягивает фавикон после того, как начались показы. Но если на сайте изначально не было фавиконки, то ее надо загрузить в корневую директорию на хостинг.
В Яндекс.Директ иконка сайта подгружается автоматически. Как правило, для этого нужно, что бы в корне сайта, находилась картинка в формате .ico. Полное название favicon.ico