Сам по себе атеизм - неверие в бога, также - неверие в мистические сущности, а вопрос случая далеко не всегда объясняется чем-то сверхъестественным. Так что скорее всего у разных атеистов объяснение будет разным.
Со своей стороны выскажу такое мнение: Все имеет причину и следствие, что бы ни произошло; хорошее, или дурное. Случаем человек называет то следствие, у которого он не видит причины, т.е. это понятие строго субъективное. Другой человек может и знать цепь причин, которая привела к этому последствию, и он не назовет это же явление или событие случайным.
Колебание частиц при большом взрыве - это просто слишком большой для человечества массив данных, к тому же очень давнее. И пока не поддающееся познанию. Пока его можно считать случайным.