Добрый день,
Должностная инструкция-неотъемлемая часть трудового договора, где отражается функционал работника. Таким образом, если изменения должностной инструкции произведены как изменения трудового договора (возможно даже как изменения существенных условий трудового договора, надо смотреть ваш случай предметно) с соблюдением соответствующего порядка, то - законно.