Наиболее популярными инструментами по автоматизации бизнеса, как такового, в том числе и отчетности ,- это программные продукты Фирмы 1С.
Помимо, всем известных конфигураций типа 1С Бухгалтерия, существует огромное множество отраслевых решений, которые позволяют автоматизировать практически любую отрасль.
вот тут подробная информация а конфигурациях: solutions.1c.ru
кроме того, есть сервисы ИТС - например, 1С Отчетность, который позволят отправлять отчеты в любые инстанции непосредственно из 1С Бухгалтерии.