Если, при вашем сотрудничестве, соблюдены все формальности взаимодействия с самозанятыми, то нет, ни каких проблем быть не может. При работе с самозанятыми, нет обязательного заключения договора. Трудовой договор заключается с наёмным сотрудником, а самозанятый, формально, таким не является. Он не в штате вашей компании, он работает на себя и сам оплачивает налоги.