Могут быть, если будут проверки. Не будет проверок или заявлений в трудовую инспекцию - не будет проблем. Можно подстраховаться, чтобы в случае претензий избежать неприятностей - составить грамотный договор с самозанятым, "внушить" ему, что он никакой не сотрудник, а сам по себе. Или оформить работника позже.