Нам с женой очень понравился хостел "Graffiti", он находится в самом центре - в двух минутах от Московского вокзала. По стоимости вы можете уточнить на их сайте, не буду врать, т.к. останавливались там несколько лет назад. Было дёшево.
На Невском 119 есть интересный маленький хостел. Интересен тем, что там вместо кроватей - капсульный кровати. Ценник весьма лоялен. Их сайт: greencathostel.ru