Где лучше всего обучаться на бакалавра человеку, который хочет PhD в биологии (computational neuroscience)?

Сомневаюсь, что для этого будет достаточно одного образования. Тем более, биолого-почвенного факультета.

"Вычислительная (а на самом деле, скорее, информационная) нейробиология" - это сложная дисциплина, требующая глубоких знаний как в нейрофизиологии (а это отрасль медицины, но не биологии), так и в информационных процессах. Причем не только в их нынешней реализации, а во всем многообразии.

За биофизику не скажу, МФТИ с этой стороны не знаю, но тоже сильно сомневаюсь, что там можно получить знания необходимой глубины и охвата.