Я бы советовал идти в МФТИ, только там этот факультет называется факультет биологической и медицинской физики. Причины:
Вокруг МФТИ сейчас создается кластер биотехнологий, строятся новые корпуса, в общем, есть движуха
В МФТИ стоит суперкомпьютер (#19 в рейтинге supercomputers.ru), СПбГУ в этом списке нет. На суперкомпьютере в МФТИ чаще всего рассчитывают именно биологические вещи
В МФТИ точно научат computational части :)
Не знаю как сейчас, но одно время была совместная программа с МГМУ им. Сеченова, это на случай, если захочется больше медицины.
Насчет того, занимается ли кто-то на физтехе именно нейроинжинирингом, следует поспрашивать в группах МФТИ:
vk.com (неофициальная)
vk.com (официальная)
vk.com (оскорбления, треш, угар и содомия)
Медицины? Чтооо?