Принцип тот же. Просто ужесточили требования к способам получения электронных подписей. Удостоверяющих центров стало в разы меньше, контролировать их проще.
Обратите внимание, что сама подпись (набор файлов) ФНС делает бесплатно, но записывает его только на токен с сертификатом. А это суть есть защищенная флешка, скопировать с которой ЭЦП уже не получится. Если надо использовать ЭЦП в нескольких местах - придется приобретать несколько токенов.