Иногда можно, иногда нельзя. Самые опасные папки это: Каталоги SFX (самораспаковывающиеся архивы в случаях когда целиком папка, или несколько папок с файлами внутри были заархивированы как SFX при одном лишь нажатии мышкой на которые начинается их автоматическая распаковка). А так же Zip-папки. Папка - это хранилище, так называемый контейнерный объект имеющий связь с файловой системой. Всё зависит от того насколько содержимое папки связано с контейнерным объектом. И как устроен вирусный файл. Если существовует код способный при обращении к папке "активировать" её содержимое, тогда существует прямая угроза активации и вирусного кода. Т.е. есть вирусы которые могут быть активированы сразу, как только получат сигнал о распаковки содержащей их папки, или от обращения к их папки-носителю.
Дискеты, флэшки, CD и DVD рассматриваются операционной системой как "головные папки-носители" внешних устройств. Поэтому вставка флэшки в компьютер может привести к моментальному заражению системы, как и загрузка с заражённой дискеты, с лазерного диска и с DVD-диска. Много случаев заражения (из реальной статистики) было даже с покупных из магазинов всех перечисленных видов носителей за разное время.