Если мы живём в матрице, имеем ли мы свободу выбора, воли, мысли, саморазвития итд...или мы действуем по программе кода на каждую личность?

Если рассуждать с высот психологии. В общем и целом программа существует. Генетический код. Харизма маризма цвет кожи и т.д. и т.п. Но она задает базовые границы. Далее накладываются рамки опыта. Но при этом система поведенческая, остается слишком вариативной что бы говорить о жестком программировании.

Смотря с точки зрения философии программирования, нужно решать задачу с обратного. Где существует программа, в какой "среде". Какова структура данных и методы ее обработки. Находясь внутри системе, вы не сможете однозначно утверждать. Так как, если гипотетически выбор существует, и наличие операторов выбора доказано, остаются вопросы к условиям. Пример ниже условий выбора дают при любых исходных имеет  единственный результат, если x - вариативная переменная, то код проверки условий: "если х меньше двух или истина", будет всегда только создавать иллюзию выбора.

Ну и наконец метафизика, как я ее называю. Ваша пресловутая матрица, это система которая возникла из нечего и стала ничем. Все субъективные измерители, время, расстояние существуют только здесь и сейчас, и только внутри системы, как отражение изменения. Уже ведутся рассуждения, что вся классическая физика, есть снимок квантового состояния и не более того. При этом, свернутого как вся квантовая теория в к улыбке чеширского кота. Бла бла бла. Однозначно можно утверждать только факт, что вне зависимости от переходных процессов, результат, система исчезнет. Следовательно даже имея механизмы изменения хода, они будут влиять только на процессы внутри, но не на конечный результат. Есть отличная метафора этим утверждениям, философия колеса сансары. Это забавно, но остается только вопрос, точнее возможность, если физическое в финале ожидает забвение, может разум существует так, что есть возможность покинуть обреченный "мир". Сразу  вспоминается буддизм. Религии. Может на востоке действительно жили знатоки вселенной, матрица существует, разум может стать бессмертным. Хочется верить..