Проникающую/обмазочную гидроизоляцию можно наносить поверх стяжки. Проникающая проникает в поры бетона, обмазочная гидроизоляция работает своим слоем, защищая поверхность.
Если это стяжка внутри подвала, то обязательно отдельное внимание нужно уделять швам.
Из личного опыта, делали ремонт в ванной комнате, сперва выравнивали пол, затем наносили гидроизоляционную смесь, далее клали плитку. Если будет протечка, то не пострадает стяжка, меньше ремонтировать.