Дело в том, что у млекопитающих изначально имеется "стандартный" набор органов, разнообразие и способность к изменению коих определила их способность эволюционировать и занять разные экологические ниши. Но при этом орган, совершенно необходимый одному животному, другому животному в его условиях обитания не пригодился. Так вышло и с аппендиксом. Например, лошадь: питается травой (этот корм самостоятельно никакие животные переваривать не умеют), поэтому нуждается в симбиотических микроорганизмах в пищеварительной системе. Куда их поселить? У жвачных много камер в желудке, там они и живут, но у лошади маленький желудок, только 1 камера. Поэтому у нее очень сильно разрастается аппендикс (он же - слепая кишка), где и происходят процессы, соответствующие брожению в рубце жвачных.
Так вот, у человека в связи с отсутствием подобной специфики питания, слепая кишка редуцирована до определенной степени. Насколько помню, были исследования, которые установили незначительное участие этого органа в иммунитете. А ещё туда могут попадать непереваримые частицы пищи (какие-нибудь арбузные семена или шелуха от семечек), которые в некоторых случаях и приводят к воспалению.