"Номером домофона" указывается номер квартиры, он же и является вызывным номером в действующей системе домофона в доме (если домофон есть).
Посетитель, чтобы попасть в подъезд, звонит в нужную квартиру используя вызывную панель, расположенную у входной двери.
Поскольку система домофона используется не только в многоквартирных домах, вызов нужной квартиры\дома может осуществляться путем ввода нестандартным путем. Поэтому обычно эту информацию просят указывать.
Возможно под термином "номер домофона" понимается серийный номер оборудования.
Если понимать номером то, что на входной двери в подъезде - то конечно это номера квартир (или вызывной номер - если это например малосемейки)