Не только Николай II был коронован в Москве, но и все правящие монархи из династии Рюриковичей и Романовых, начиная с Василия III включительно. Т.е. в кремлевском Успенском соборе российские монархи становились в подлинном смысле этого слова самодержцами и легитимировали свою власть именно в Московском Кремле. Кроме того, именно в древней столице, несмотря на перенос столицы в холодный Петербург, на протяжении едва ли всей первой половины XVIII в. оставался центр управления - она была сосредоточением приказов, центральных дорог, всей хозяйственной жизни страны.
Часть органов центрального управления, например, Сенат, имел особое представительство, располагавшееся в Московском Кремле.
Таким образом, Кремль на протяжении всего Романовского периода сохранял свое значение как центр власти.
Стал резиденцией губернатора Москвы, ну и когда Царь приезжал с визитами в Москву, там останавливался, Если вспомнить историю, Николай 2 был коронован именно в Москве.