Чтобы просчитать оба варианта и выбрать выгодный, нужно понимать под какую деятельность попадают ваши услуги.
Советую посмотреть Владимира Турова, он в этих вопросах, по моему мнению, высокий специалист, которому можно доверять.
Но из своего опыта скажу, что оформление сотрудника - это бОльшая ответственность перед фондами и налоговой, чем оформление сотрудничества.