Для ускорения работы с носителями информации операционные системы выделяют небольшой участок оперативной памяти под кэш файловой системы. При записи файлов они помещаются сначала в кэш, а потом блоками (чаще всего по 4096 байт) записываются на носитель. Таким образом уменьшается число операций записи (уменьшаются накладные расходы) и увеличивается скорость передачи полезных данных.
Если флешку вытащить до сброса кэша на диск, то данные будут записаны не полностью и файл, в кототорый шла запись будет испорчен (не дописан)/не записан (зависит от реализации файловой системы).
Так что, используйте команду для принудительной записи кэша на диск или отключите эту функцию.