Если вы будете вытаскивать флешку во время какой либо операции (скачивание/закаливание файлов), есть определенный риск эти часть этих файлов потерять.
Если же никакая операция не производится, и никакая программа данный носитель не использует, можете смело просто вытащить флешку, так как в конце каждой операции происходит обмен контрольным пакетом битов во избежание появления ошибок.