Telegram в России - самый нейтральный мессенджер. Им пользуются и оппозиционеры и провластные люди. Даже Рамзан Кадыров завёл свой канал в Telegram'е. Врятли, его вообще посмеют заблокировать.
А теперь к технической части: для работы приложения используются распределенные сервера, которые имеют чётко заданный IP-адрес. То есть трафик с приложения идёт напрямую к серверам Telegram. Telegram может воспользоваться специальной программой помощи независимых СМИ от Google. При работе через эту программу все запросы идут через сервера Google. Соответственно, ваш провайдер не сможет отличить, смотрите ли вы видео в YouTube или готовите теракт в секретном чате в Telegram'е. Протокол MTProto разрабатывался специально для безопасной коммуникации через небезопасные каналы связи.
Ну или Дуров и вовсе забьет на возню с IP адресами