Я не очень понимаю, почему все рекомендуют избегать туристических мест. Может, вы и коренные петербуржцы, но, приезжая в новое место, куда вы идёте в первую очередь?
Тому, кто впервые в Северной столице, советую пеший маршрут по Невскому от площади Восстания до Адмиралтейства (тут можно свернуть и прогуляться до Исаакия, чтобы еще и Медного всадника увидеть, а обратно по набережной), далее на Дворцовый мост, стрелка, кронверкская набережная, Петропавловская крепость (только входите со стороны Петровских ворот), дальше Троицкий мост обратно на левый берег Невы, Марсово поле и Летний сад, а потом по Михайловскому саду к Спаса на Крови и там по набережной канала Грибоедова до метро. Это полноценный день.
Мне кажется, что по рекам и каналам нужно прокатиться обязательно, и я бы советовала объединить это с просмотром развода мостов, т.е. делать это ночью.
Из музеев настоятельно рекомендую квартиру Пушкина на Мойке, 12; Кунсткамеру; колоннаду Исаакиевского и/или Смольного собора.
Если есть желание посмотреть на Петербург с высоты крыш, то можно посетить фотосалон Карла Буллы или пойти на экскурсию по открытым крышам, так вы увидите не только Невский, но и Пять углов.
Если хочется увидеть неформальный город, попробуйте заблудиться на Васильевском во дворах-колодцах, посмотрите на аптеку доктор Пеля и сыновей, прогуляйтесь по Лиговскому и Обводному (кстати, станция метро "Обводный канал" - моя самая любимая), а также к западу от Гороховой улицы, дойдите до Новой Голландии.
Также вам не помешает знать, что барной меккой является Думская улица.
Если вы приехали надолго и не знаете, чем занять себя дальше, в Эрмитаж идти не хочется, а Невский приелся, езжайте в Петергоф, посмотрите на фонтаны, загляните в парк Александрия и обязательно сфоткайтесь на петергофском вокзале.
Крепость орешек тоже, возможно, не оставит вас равнодушным, как и старый город Выборг.
Можно ещё скататься в Кронштадт, Пушкин и Гатчину.
И да, Диво-Остров - приятное место, равно как и Эрарта.
Главное вечером не приторговать лицом в этих самых "каждых двориках". А еще можно взять с собой фотоаппарат.