Организационно-правовой формой, целями, задачами, структурой, историческим бэкграундом. Тысячи их!
Если в двух словах, то ФАНО управляет и распоряжается тем, что создаёт РАН и иные подведы. А если канцелярским языком, то ниже инфа с офсайтов. Ищите 50 оттенков различия.
ФАНО федеральным органом исполнительной власти, осуществляющим функции по нормативно-правовому регулированию и оказанию государственных услуг в сфере организации деятельности, осуществляемой подведомственными организациями, в том числе в области науки, образования, здравоохранения и агропромышленного комплекса, а также по управлению федеральным имуществом организаций, подведомственных Агентству.
Целью РАН является проведение и развитие фундаментальных исследований, направленных на получение новых знаний о законах развития природы, общества, человека и способствующих технологическому, экономическому, социальному и духовному развитию России.