Отличаются тем, что это разные характеристики. Процент содержания кислоты - это сколько кислоты содержится в единице массы/объема. В вашем случае кислоты используются слабые, а они распадаются на ионы не полностью. pH нам показывает, говоря упрощенно и без формул, концентрацию той доли кислоты, которая проявила себя как кислота, то есть распалась на ионы. Таким образом, pH можно назвать "эффективной кислотностью". Если два продукта с одинаковой концентрацией кислоты содержат одинаковые вспомогательные компоненты в одинаковых концентрациях (либо не содержат ничего кроме кислоты и воды), то и pH у них будет одинаковый. Вспомогательные компоненты могут влиять как раз на долю распавшейся на ионы кислоты.