Для примера можно посмотреть на ванилин. Натуральный ароматизатор получают из коробочек орхидеи Vanilla planifolia, прибегая к их замачиванию, ферментированию и высушиванию. Идентичный натуральному ароматизатор получают разными способами, например, из лингина - побочного продукта переработки древесины на целлюлозно-бумажных комбинатах. В технологию входит настаивание опилок в спиртово-бензольной смеси и в серной кислоте, окисление едким натром и нитробензолом, смешивание с бисульфитом натрия и снова серной кислотой. Или из гваякола, который производится из пирокатехина, который производится из фенола, который производится из бензола, который производится из нефти.
Это отличия в производстве. Если вы понюхаете натуральный ванилин и синтезированный, то заметите (возможно) разницу в аромате - у натурального он намного богаче. Просто потому, что кроме ванилина, в коробочке ванили есть и другие ароматические вещества. Если вы при этом покроетесь пятнами, то узнаете и ещё одно отличие - натуральные ингредиенты часто бывают аллергенами, поэтому их всё чаще запрещают в парфюмерии, например.