Сразу после уборки урожая в теплице нужно навести порядок. Все растительные остатки (ботву, листья, сорняки и пр.) тщательно собирают и выносят в компостную кучу. Затем конструкцию необходимо хорошенько помыть мыльной водой как внутри, так и снаружи, особое внимание уделяя стыкам и углам (в них часто скапливается грязь). В продаже можно найти специальные дезинфицирующие средства для теплиц (Персель, Экоурожай, Клиан Дес, ТеплицаМой и пр.).
С целью дезинфекции (от вредителей, а также от болезней) теплицу обрабатывают бордоской жидкостью (2%), медным купоросом (2%), Фитоспорином или инсектоакарацидами (Оберон, Карате, Фуфанон и пр.). Препарат наносят из распылителя или размазывают кистью. Очень эффективно окуривание серными шашками (Фас, Климат и пр.). Дым проникает во все щели, убивая не только самих насекомых, но и их личинок.
Чтобы увеличить плодородие тепличной почвы и улучшить ее структуру, рекомендуется в конце сезона посеять сидераты (горчица, овес, рожь, фацелия и пр.). Семена просто разбрасывают по поверхности грунта в теплице и немного заделывают вглубь граблями. Время от времени посевы нужно поливать. Когда растения подрастут, но еще не зацветут, их скашивают или сразу перекапывают.
Желательно теплицу промыть мыльным раствором, чтобы исключить разрастание плесени. Деревянный каркас обрабатывается антисептиком. Землю можно обработать раствором перманганата калия (1 ч. л. на 1 л воды). Можно использовать медный купорос.