Тут нужен полный спектр уборочных мероприятий. Сначала хорошо отгенералить внутреннее пространство - повыбрасывать и посжигать все растительные остатки, колышки сгнившие, старые тряпочки. Затем нужно хорошо-хорошо промыть мыльным раствором конструкцию теплицы, но используйте только мягкие тряпки и губки! Иначе можно повредить защитное покрытие поликарбоната.
Следующий этап - как раз дезинфекция. На самом деле, вариантов очень много. Все зависит от того, были у ваших растений какие-то болячки или нет. Если да, придется применять химические вещества. Если нет, простые народные средства даже подойдут в профилактических целях.
Мы очень подробно все рассказываем в статьях на нашем официальном сайте. И есть даже статья в Яндекс.Дзен об обработке поликарбонатных теплиц осенью. Почитайте, если время будет!
Желательно теплицу промыть мыльным раствором, чтобы исключить разрастание плесени. Деревянный каркас обрабатывается антисептиком. Землю можно обработать раствором перманганата калия (1 ч. л. на 1 л воды). Можно использовать медный купорос.