В сущности, химия - это физика взаимодействия электронных оболочек атомов. Но, во-первых, исторически сложилось так, что химия появилась и развивалась как отдельная наука еще во времена, когда об электронных оболочках никто и знать не знал (не говоря уж о квантовой механике). И, во-вторых, сложность квантовомеханических расчетов быстро растет по мере усложнения системы. Поэтому химия по-прежнему во многом осталась самостоятельной областью науки, а не какой-нибудь "прикладной квантовой механикой".