Смотря что под атеистами понимать. Быть вне религии вообще в Средние века крайне затруднительно просто из-за того, что это на то время почти единственный цемент общества и всеобъемлющая основа культуры. Так что даже учёные не могли быть вообще никак с верой не связаны.
В конце концов, вон — Коперник сам священником являлся. Причём высокопоставленным. Назвать его атеистом в современном понимании сложно.
Но это и не значит, что все прямо истово верили в бога. Конечно же, были люди, не придававшие религии никакого духовного значения. Те, для кого она была только социальным институтом и не более. Причём нельзя сказать, чтобы их было мало — на различные примеры или следы такого отношения натыкаешься в медиевистике постоянно.
Temperance Brennan, я имел в виду иное. Средневековье — время, когда по факту не существовало современных понятий "государство" и "нация". Люди общность за рамками тех, с кем непосредственно рядом живут, ощущали очень слабо. Отчасти по языку, но и это не везде работала. И тут была действительно критически важна религия как механизм "свой-чужой".
Вы говорите узко, про Европу и Средиземноморье. Люди же жили и в Китае и в Австралии и в несеверной Африке и в обеих Америках. И у многих из них не было Бога/Богов в культуре. Мир это не Европа.
Сергей Д, Средневековье — это период в истории Европы. Оно потому так и называется, что "среднее" между Античностью и Новым временем. Для других регионов верны иные периодизации.