Смотря что под атеистами понимать. Быть вне религии вообще в Средние века крайне затруднительно просто из-за того, что это на то время почти единственный цемент общества и всеобъемлющая основа культуры. Так что даже учёные не могли быть вообще никак с верой не связаны.
В конце концов, вон — Коперник сам священником являлся. Причём высокопоставленным. Назвать его атеистом в современном понимании сложно.
Но это и не значит, что все прямо истово верили в бога. Конечно же, были люди, не придававшие религии никакого духовного значения. Те, для кого она была только социальным институтом и не более. Причём нельзя сказать, чтобы их было мало — на различные примеры или следы такого отношения натыкаешься в медиевистике постоянно.