Религиозные конфликты в древнем мире, конечно же, были. Были преследования иудеев и иудеями. Были преследования буддистов в Индии и в Иране. Даже Конфуций столкнулся с неприятностями, а уж его последователи при императоре Цинь Шихуанди хлебнули по полной.
Между разными течениями одних и тех же религий вражда всегда самая лютая. Потому что с иноверцев в принципе что возьмёшь, а тут о правильном отношении к самому святому идёт речь.
Конечно, были. Почитайте о Священных Войнах в Античной Греции, например.
К вопросу о войнах между течениями в христианстве - "чья вера, того и корона", понимаете, о чём я? По сути, это было прикрытие для передела/укрепления власти.