Биоинформатика, прошу подскажите
С использованием программы BLAST было идентифицировано 4 гомологичных последовательности. Какая из них более всего соответствует последовательности запроса? а) E value = 0.1, % identical residues = 16; б) E value = 0.1, % identical residues = 30; в) E value = 0.001, % identical residues = 16; г) E value = 10, % identical residues = 16.
ПрограммированиеИнформатика+1
Анонимный вопрос · · 947
BLAST (Basic Local Alignment Search Tool) — это программа, используемая в биоинформатике для поиска сходств между последовательностями белков и нуклеотидов.
E-value (Expected value) — мера вероятности того, что найденное совпадение между запросом и базой данных произошло случайно. Чем меньше E-value, тем более значимым считается совпадение.
% Identical residues (процент одинаковых остатков) — это процентное соотношение одинаковых аминокислот или нуклеотидов в выравнивании с запросом.
Чтобы определить, какая из 4 гомологичных последовательностей наиболее соответствует запросу, необходимо оценить E-value и % Identical residues каждой последовательности. Чем меньше E-value и чем выше % Identical residues, тем более значимым считается совпадение.
Следовательно, наиболее соответствующей последовательностью запросу будет б) E value = 0.1, % identical residues = 30, так как имеет более высокий % Identical residues, что означает более точное совпадение с запросом, при близком значении E-value.
Для определения того, какая из гомологичных последовательностей больше всего соответствует последовательности запроса, следует оценить два основных параметра, полученных в результате поиска с помощью BLAST: E-value и процент... Читать далее