Атеисты разные бывают. Когда человек умирает и распадается его материальный мозг, душа у развитых индивидов сохраняет способность мыслить.(У низких индивидов эта способность не сохраняется ввиду недостаточного развития.) И это возможно по причине наличия у личности интеллекта духовного тела, который определяется энергокачествами матрицы.
Эта тема очень обширная, кратко не ответить. Познакомьтесь с информацией в книге Секлитовой Л.А., Стрельниковой Л.Л. "Развитие мышления."