Эволюция есть прогресс. Но почему такое социальное качество как человеческая совесть не прогрессирует среди людей?

Эволюция -- не всегда прогресс. Изменение -- да. Умирание одного и выживание другого -- да. Но не всегда прогресс.

Совесть -- явление, не существующее вне личности, и оно не может прогрессировать и эволюционировать вне личности. Эволюционирует социум, который и воспитывает совесть каждого человека (вы ведь сами назвали совесть социальным качеством).

Социуму надо, чтобы каждый человек был совестливым, это сплачивает общество/группу и т.п. и помогает реализации общих задач. Но при этом каждый человек стремится к свободе и меньшей ответственности, многие пропагандируют свободу личности и т.п., а это означает уменьшение влияния совести на жизнь человека.

Вот так сталкиваются личные и общественные интересы.

Как может прогрессировать или эволюционировать совесть?

Могут меняться:

Избыточная совестливость приводит к повышенному чувству вины. Если человек не может реализовать это чувство, произвести какие-то действия, которые успокоят его совесть, то он будет испытывать мучения. Это происходит очень часто со многими людьми.

Общество может создать (и внушить) идеалы, способствовать воспитанию совести каждого члена общества и создать способы реализации мук совести, которые наиболее соответствуют интересам общества. Долгие мучения от чувства вины вряд ли будут интересны обществу, а вот использовать его на благие цели вполне можно.

Таким образом, я считаю, что прогресс или деградация совести в руках общества. Но не хаотичного множества людей, а общества как единого организма с едиными идеалами, задачами и т.п.