Для начала нужно разработать положение о Коммерческой тайне предприятия.
Далее нужно разработать регламент получения доступа к Коммерческой тайне предприятия.
Потом создать перечень лиц, должностей и иных лиц могущих быть допущенными к Коммерческой тайне предприятия.
Вести учёт можно по соглашениям о неразглашении Коммерческой тайне предприятия, подписанной обладателями Коммерческой тайны предприятия.
Это лишь вариант.