Добрый день.
Согласно ст. 24
Федерального закона от 28.03.1998 № 53-ФЗ «О воинской обязанности и военной службе» право на отсрочку от призыва на военную службу сохраняется за гражданином, получившим во время освоения образовательной программы
академический отпуск или
перешедшим в той же образовательной организации с одной образовательной программы на другую имеющую государственную аккредитацию образовательную программу того же уровня образования либо переведенным в другую образовательную организацию для освоения имеющей государственную аккредитацию образовательной программы того же уровня образования.
Право на отсрочку от призыва на военную службу сохраняется за гражданином по основаниям, только при условии, если общий срок, на который гражданину была предоставлена отсрочка от призыва на военную службу для обучения в данной образовательной организации или в образовательной организации, из которой осуществлен перевод, не увеличивается или увеличивается не более чем на один год.
Если Ваш сын возьмет академический отпуск, то срок отсрочки (которая ранее была предоставлена) увеличится более чем на один год. Следовательно, право на отсрочку не сохранится.