Если госпошлина взыскана решением суда, то подавайте апелляционную жалобу на решение в указанной части. В апелляционной жалобе приведите правильный расчёт суммы госпошлины и расчёт переплаты.
Если госпошлина взыскана отдельным определением суда о взыскании судебных расходов, подавайте частную жалобу на данное определение.
Суд должен был при принятии судебного акта по существу спора проверить правильность исчисления госпошлины истцом, установить факт переплаты госпошлины и вернуть истцу переплаченную госпошлину. А с ответчика взыскать только тот размер госпошлины, который соответствует виду и цене иска.