Да уменьшается. Это же видно по сокращению размеров тел при охлаждении или расширению тел при нагревании. И сокращение этих тел происходит из-за уменьшения размеров самих атомов, составляющих это тело. Электрон атома, излучивший фотон, переходит на уровень более близкий к ядру, чем изменяет физические размеры атома. Все атомы уменьшаются, уменьшается и все тело, вплоть до конденсата Бозе-Ейнштейна. Но связи между атомами в молекулах или кристаллах могут вести себя по разному: могут также уменьшатся, а иногда и увеличиваться при разных температурах. Например, вода.