В естественных науках (во всяком случае в современном понимании) теории не опровергают.
Гипотеза - модель, автор которой утверждает, что не нашел ни одного факта ей противоречащего.
Теория - модель, для которой мировое научное сообщество не нашло ни одного факта ей противоречащего.
Со временем такие факты бывает обнаруживаются, тогда вводят ограничения на область применимости. Иногда теорию забывают, если появляется новая теория одновременно более простая и более общая. Но это редкий случай.
Мы продолжаем в быту пользоваться геоцентрической системой - отсчитывать от себя удобно. И только когда необходимо решать задачи небесной механики переходим к гелиоцентрической. Так что Галилей Птолемея не опроверг, он просто предложил более удобную для некоторых задач теорию.
Пожалуй последней опровергнутой теорией была теория Ламарка о наследовании приобретенных признаков. Но это было на заре формирования современного научного метода.