В чем, по мысли Н. А. Бердяева, заключается отличие философии от науки?

Вопрос здесь (как многие у Бердяева) имеет религиозный смысл, поэтому и ответ надо искать в его определении Свободы. Итак,

Наука как вызов Богу и как "Фаустово проклятье", соотносится у Бердяева с понятием «Свобода от» — т.е. отсутствие каких-то рамок (пределов и этики исследования), отсутствие ограничений (мы ищем истину и не рассматриваем последствия от наших открытий), свобода произвола (скептицизм относительно уже сформированного знания) = всё это свобода делать то, что хочешь (свобода и от Бога, и от человеческого - то, что станет трансгуманизмом). 

Философия, напротив,  это изначальная проблематика человеческого как поиск Бога, т.е. «Свобода для» —  реализации каких-то целей, создания ценностей, решения задач. При этом здесь (как и в свойственной Русской философии антроподицеи) "Свобода для" имеет свой внутренний (личностный) и внешний (социо-нормативный) контекст: свобода моих деяний существенна для меня и для общества - моя польза = польза общественному. Общество (глас народа = глас Божий) определяет правильность моего свободного поступка. Именно поэтому человек свободен, ибо несёт за это ответственность.

Бердяев отталкивается от оценки концепции свободы воли, где Бог не создаёт свободу воли для своих существ, Он им даёт внеограниченный дар этой свободы в том числе как свободу выбора. И это связано с тем, что свобода не может быть создана - иначе она не свобода, в противном случае Бог оказался бы в позиции ответственного за всё творимое вселенское зло.

Вывод: ничем не ограниченная "свобода от всего", свойственная науке, всё таки должна иметь ограничения философией, которая, обуздывая метафизический бунт стремления перехватить всемогущество Бога, создаёт смысл "свободы для чего-то полезного" - т.е. ставя науку перед этическим законом ответственности, как понимания Божественного дара свободы