1. За все время своего существования, научная методология как базовый инструментарий в исследовательской деятельности никогда не "исчерпывала" себя. Т.к. для каждого методологического подхода есть область применения. Логика, формальная логика, диалектика, системный подход, системно-аналитический - это концептуальные области формирования объяснительных принципов в науке (когниций) на основе научных методов, к примеру в гуманитарном знании это сравнительный, историко-аналитический, комплексный, комплексно-моделирующий и т.д.
Т.е. то, что Вы называете "научным методом" является объяснительными принципами (когнициями) того или иного элемента действительности, посредством которых формируется научная объяснительная картина мира. К примеру - научное объяснение Сознания. Или же понимание феномена квантовой запутанности относительно социума и т.д.
Вышеперечисленные концептуальные области формирования когниций это исключительно градация уровня познания. Т.е. в большей степени соотносится с характером мыслительной деятельности ученого или же нет. К методологии имеет опосредованное отношение, как я уже выше говорил - в зависимости от области применения.
Ошибка людей воспринимающих данные категории как элементы научной методологии кроется в проблеме истории науки. Так как данные концептуальные подходы хронологически предшествовали друг другу. Поэтому создается впечатление что логика - это метод научного исследования. Хотя по сути, это уровень познания чего либо посредством чего либо (в удачном случае - научного метода) как инструмента (или по другому - уровень выявления закономерностей).
Т.е. еще раз на пальцах: Логика это подход, сравнение это метод. Научно-исследовательский принцип: сравнение на основе логических категорий.
Научная форма: математическое сравнение, физико-математическое сравнение, лабораторно-химическое сравнение и т.д. - где осмысление результатов будет совершаться на основе выделения логических связей (закономерностей) исследуемых объектов.
Научные методы могут быть двух видов: качественный и количественный.
- Высоких научных кругов не бывает. Научный мир делится на две составляющие - ученых и администраторов научно-исследовательских и образовательных учреждений. И если у первых как таковой иерархии нет, а научное звание в большей степени является индексом компетенции (частично социально-значимым). То у вторых да, есть четкая вертикаль. Если Вы о них, то сам по себе феномен "исчерпания научного метода" априори слабо верифицируем. В проживаемой же действительности лаборант-аспирант может быть в большей степени ученым чем зав. лабораторией с кандидатской (хотя это конечно ж редкость, но случается).
- Касаемо кризиса. Действительно, современная естественно-научная парадигма как основа научного мировоззрения сейчас переживает кризис, но опосредован он не внутренними проблемами, а уровнем социального развития современного человечества - социальным запросом. И это совершенно другая проблема. На мой взгляд она лежит в характере трансформации этических и моральных категорий в новых формах социальных отношений. Проще говоря, тренд "бог" устаревает для общества, но неясно что или кто его заменит.