Вы путаете вопросы "что" и "из чего", считая их взаимозаменяемыми.
Что есть стул? Стул есть мебельное изделие для сидения.
Из чего стул? Из дерева.
Теперь вопрос - сводится ли стул к своим деталям?
Очевидно что нет, потому что целое, даже механическое целое, такое как любое человеческое изделие - хотя и состоит из частей, но к своим частям не сводится. В целом наглядно проявляется некий объединяющий принцип, который возвышается над деталями.
Суждение "всё есть атомы" - по сути абсурдно, оно отрицает тот факт, что у любого