Тут есть одна главная причина и множество второстепенных.
Главная заключается в том, что обе империи в Центральной и Южной Америки находились в первой стадии формирования - экспансии. В связи с чем были довольно похожи в социально-политическом плане.
Обе империи были созданы всего лишь лет за сто до появления европейцев (ацтекская - не ранее 1429 года, а скорее всего, при Монтесуме I, инкская - примерно в 1450-х при Пачакутеке Юпанки). Обе империи находились в ранней стадии своего существования - активно расширялись, облагая данью подвластные племена и навязывая им свои правила. Покорённым это, мягко говоря, не нравилось. И когда появилась возможность, они немедленно восстали. Именно воины многочисленных угнетённых племён и были главной ударной силой как Кортеса, так и Писарро. Будь у империй больше времени на ассимиляцию и консолидацию, будь они более монолитными, чёрта с два горстке чужаков удалось бы их разрушить. Не помогли бы не порох, ни лошади, ни цвет кожи завоевателей, ни прочие второстепенный обстоятельства..