Во-первых, неслучайно больше всего "альтернативщины" крутится в сфере истории древнего мира: "не могли построить пирамиды" и всё прочее. Ведь школьная программа по истории не строится по принципу "от простого к сложному", как в любом другом предмете: к великому сожалению, она до сих пор организована по принципу "отдельные курсы по эпохам на каждый год, плюс история России вообще отдельно".
Результат — всю древность проходят маленькие дети в 5-м классе, как будто она проще или менее важна. Ну и чему они всерьёз могут на эту тему научиться? Готовое поле для манипуляций "альтернативщиков".
Во-вторых, уже затронутая выше тема — учебники можно написать хоть какие, но сама по себе система преподавания истории "в этом классе всё Средневековье, в следующем всё Новое время" — абсолютно упадочна и порочна. Пока не будет создана некая система концентрическая, не будет никакого прорыва в борьбе с историческими мифами и мракобесием. Ну не могут люди, изучая в школе историю России "в вакууме", потому как-то соотнести события в Отечестве с историческими процессами у соседей и прийти к адекватным выводам. И так во всём.
В-третьих, конечно — "учиться" ещё не значит "научиться". Много людей бумажку об образовании имеют, а вот настоящее образование в голове — увы. И это не только школы касается, но и вузов, зачастую даже в большей степени.
В-четвёртых, альтернативщина чаще всего даёт простые ответы на сложные вопросы и/или удовлетворяет некий политический запрос уже готовой ЦА. Это для широких масс, конечно, очень привлекательно — куда больше, нежели разбираться в реальной науке.