Очень интересный вопрос, который позволяет показать, что история - это полноценная наука. Если исходить из куновского понимания аномалии: "явление, к восприятию которого парадигма не подготовила исследователя", то таких аномалий было довольно много, и именно они способствовали развитию исторической науки и появлению новых подходов. В основном исторические аномалии возникают из-за недостаточного количества фактов, из-за чего некоторые события/артефакты выглядят невозможными. Так, практически все достижения древневосточных цивилизаций до второй половины XIX века с точки зрения европейской исторической науки были аномалиями, поскольку не вписывались в сложившуюся к тому времени схему, согласно которой Восток - это регион вечного застоя. И эти аномалии стимулировали развитие египтологии, шумерологии и других схожих дисциплин. А к настоящему времени они породили очень перспективное направление - экспериментальную археологию, в рамках которой исследователи воссоздают те или иные артефакты с использованием соответствующих эпохе технологий.
Если говорить об истории России, то исторической аномалией долгое время считалось "Слово о полку Игореве", поскольку было единственным произведением такого уровня в средневековой Руси. Именно поэтому сразу возникли сомнения в его подлинности. Но в результате того, что "Слово" начали серьезно изучать, открылись и другие произведения, в том числе те, в которых были определенные цитаты и парафразы из "Слова".
Аномалией считался и феномен кочевых империй (и до сих пор некоторые дилетанты считают, что их не было), поскольку изучение кочевников началось в то время, когда этот образ жизни находился в серьезном упадке. Но опять-таки это стимулировало более серьезно подойти к этому феномену, с использованием данных различных наук - от климатологии до археологии, от почвоведения до нумизматики и эпиграфики. В результате сейчас мы имеем полноценную научную дисциплину - номадистику.