Я думаю, дело в том, что центром СССР была Россия, и ее руководство в 1991 году само было заинтересовано в распаде СССР и выделении России в отдельное государство. После путча ГКЧП союзное руководство потеряло остатки власти, а Ельцин не только не стал препятствовать распаду Союза но, напротив, сам его инициировал.
В Югославии все было иначе. Центром страны была Сербия, но распад не сулил ей ничего хорошего. Она пыталась сопротивляться развалу страны, и это вылилось в вооруженные конфликты.