Известно, что Великий Новгород утратил политическую самостоятельность еще при деде Грозного Иване III. Как пишет Р.Г. Скрынников: «Ко времени опричнины в Новгороде прочно утвердились московские порядки». Вместе с тем представители дворянского сословия были решительными противниками опричнины и на Земском соборе 1566 г. требовали ее отмены. Как следствие, произошло усиление влияния «дворянской фронды».
Замышляли ли новгородцы отложиться от Московского царства и стать частью образовавшейся в 1569 г. Речи Посполитой - унии Польши и Литвы? Историки не дают однозначного ответа на этот вопрос. В доказательство этой версии упоминаются сохранившиеся сведения в Переписной книге Посольского приказа о расследовании новгородской измены: «столп, а в нем статейный список из сыскного из изменного дела 1570 году на Новгородского Епископа Пимена и на новгородских дьяков и на подьячих, как они с (московскими) бояры… хотели Новгород и Псков отдати Литовскому королю … а царя Ивана Васильевича… хотели злым умышлением извести и на государство посадити князя Володимера Ондреевича… в том деле с пыток многие про ту измену на новгородцкого архиепископа Пимина и на его советников и на себя говорили, и в том деле многие кажнены смертью, розными казнми, и иные разосланы по тюрмам… Да туто ж список, ково казнити смертью, и какою казнью, и ково отпустити… ».
Но само расследование об измене, которое могло бы дать ответы на многие вопросы, до нашего времени, к сожалению, не дошло.
В составе Новгородских летописей имеется «Повесть о разгроме Новгорода Иваном Грозным» («О приходе царя и великого князя Иоанна Васильевича и како казнил Великий Новъгород, еже оприщина и разгром имянуется»). Ее датируют 80-90-ми гг. XVI в.
М.Д. Каган считает, что «Повесть…» возникла как «предание, стремящееся отвести от новгородцев подозрение в измене. Клеветником в нем был изображен некий Петр Волынец, изготовивший подложную челобитную новгородцев польскому королю».
И.Я. Фроянов выдвинул свою версию появления опричнины и Новгородского похода: в Новгороде была сильна ересь жидовствующих. Царь Иван, будучи человеком глубоко православным, не мог с этим смириться и выжег ее огнем и мечем. Кстати, историк считает, что Малюта не убивал Филиппа. Он был отправлен в Отрочь монастырь, чтобы предупредить митрополита об ожидающей его опасности со стороны представителей ереси, но опоздал.
Каковы бы ни были реальные причины Новгородского похода, они принесли свои плоды. М.Д. Каган приводит точку зрения А.А. Зимина, что «только после разгрома 1570 г. Новгород из соперника Москвы превратился в рядовой город Русского централизованного государства, всецело подчиненный московской администрации».