Собственно сам вопрос содержит в себе ответ. Правление Ивана Грозного - это период изживания характерной для начала средневековья феодальной раздробленности и переход к абсолютной монархии , где монарх является единоличным правителем на своих землях. Соответственно никаких вольных в полном смысле этого слова городов в государстве перешедшем к абсолютной монархии быть не может. В общем-то аналогичные процессы усекновения городских вольностей прошли примерно в те же времена и во Франции, Англии, и Испании, где так же шли к абсолютной монархии. В Новгороде тамошняя элита не захотела согласиться с этим по доброй воле, поэтому их принудили к этому силой.