Исследование праславянского языка и его реконструкция тесно связана со становлением и развитием сравнительно-исторического метода: более того, можно сказать, что с некоторых пор праславянский стал одним из излюбленных объектов сравнительно-исторических исследований, поскольку уточнение и "шлифовка" реконструкции продолжается до сих пор.
Что касается методов исследования, то, прежде всего, это метод сравнительно-исторической реконструкции: сейчас она, как правило, проводится ступенчато, т.е. не стоит и имеет мало смысла от современного языкового состояния сразу в глубины древности прыгать, а двигаться по ступеням развития, постепенно: изучаем сначала, например, язык-предок восточнославянских языков (он же древнерусский), причем хорошо бы здесь еще во внимание факты древненовгородского диалекта во внимание принимать, поскольку он в достаточной мере отличался от прочих восточнославянских диалектов. Затем, к примеру, восстанавливается общеязыковое состояние отдельно западно- и южнославянских групп, ну а затем уже можно осуществлять и общеязыковую реконструкцию. Причем, во внимание нужно принимать факты не только уже исследованных и хорошо описанных основных славянских языков, но и таких идиомов, как, например, древненовгородский диалект (про который выше писал), а также, например, т.н. резьянский микроязык, который очень большой архаичностью отличается (см. работы Л.Л. Федоровой на эту тему; я бы вообще не побоялся сказать, что из ныне существующих славянских языков резьянский — один из наиболее ярко отражающих праславянское языковое состояние).
Далее, важным направлением исследований является также изучение языковых контактов, которые имели место на раннем этапе славянской языковой истории (в частности, на этапе существования праславянского языка): важно ведь понимать, какая лексика, каким образом и из каких языков заимствовалось. Дело в том, что славянские языки на протяжении своей истории претерпевали множество контактов как с другими индоевропейскими языками (на ранних этапах развития, например, с германскими, иранскими, возможно, даже кельтскими), так и с неиндоевропейскими (финно-угорскими, к примеру). Особенно важным представляется исследование балто-славянских языковых взаимоотношений, хотя природа близости между славянскими и балтийскими языками остается дискуссионной: то ли был общий балто-славянский праязык, который потом разделился, то ли там происходило развитие в условиях контактной зоны и языкового комплекса, то ли это вообще языковой союз был такой, то ли наоборот, это славянские языки сначала отделились от общего балто-славянского ствола, а балтийские остались отдельно, представляя еще более архаичное языковое состояние (такую гипотезу, в частности, выдвигал В.Н. Топоров). Из этого становится понятным, что исследованиями праславянского языка нельзя заниматься без опоры на сравнение и сопоставление с другими индоевропейскими языками (в особенности, с теми, что были засвидетельствованы в древности). Кроме того, нельзя не обойти вниманием и реконструкцию наименований для объектов материальной культуры, а также для сущностей, относящихся к духовной культуре (эта традиция в сравнительно-исторических исследованиях берет начало еще от школы "слов и вещей").
Что касается литературы по этому вопросу, то она просто огромно, здесь просто сложно будет всё сразу обозреть. На каких источниках можно остановиться: А. Мейе "Общеславянский язык" (любое издание), В.К. Поржезинский "Сравнительная грамматика славянских языков", Х. Бирнбаум "Праславянский язык: достижения и проблемы его реконструкции" (М., 1986), Р. Бошкович "Основы сравнительной грамматики славянских языков" (М., 1984), О.Н. Трубачев "Этногенез и культура древнейших славян: лингвистические исследования" (М., 2003; много сведение о славянской прародине и праславянской культуре), В.В. Мартынов "Язык в пространстве и времени: к проблеме глоттогенеза славян" (М., 2004; о праславянском языке и его контактах с другими индоевропейскими языками — иранскими, балтийскими, кельтскими, германскими, италийскими).