Про древние языки будет точнее сказать, что их не изучают, а реконструируют. Используются два основных принципа:
Кроме того, чаще всего исключения из правил в современном языке - это результат наложения правил праязыка на какое-либо систематическое изменение в ходе его развития. Например, наличие звука "с" в современном слове "небеса" при том, что единственное число "небо", - это результат того, что в изначальной праиндоевропейской форме единственного числа "nebos" звук "с" пропал в ходе исчезновения вообще всех закрытых слогов в праславянском.
Совершенно справедливые замечания.