Прежде всего проведём границу между филологией, о которой речь, и лингвистикой. Раз речь о филологии, то мы говорим о культуре, выраженной в текстах, а не о самих по себе языках, на которых тексты написаны. То есть, допустим, расшифровка письма майя Кнорозовым и подобные вещи — это не совсем то.
В контексте российской истории, скажем — сразу приходит на ум обнаружение и издание в начале XIX века "Слова о полку Игореве", ценнейшего памятника средневековой русской литературы (уже хотя бы потому ценнейшего, что литературы этой крайне мало). Как раз в плане филологии "Слово..." имеет огромное значение, это важнейшая для погружения в русскую культуру XII века вещь. Причём сомнения в его подлинности на текущий момент лингвистикой уже развеяны, хотя долгое время существовали.
Кстати, примерно в то же время был впервые издан в Британии "Беовульф", текст которого также обнаружен был уже в Новое время (и поэтому тоже были сомнения в подлинности). А это единственный крупный текст, который мы имеем из "варварской", дохристианской культуры — опять же, филологическое его значение переоценить трудно, на основе этого текста наукой сделано в итоге очень многое. Причём тут у нас именно историко-филологический контекст: ведь "Беовульф", например, раскрывает интересные вещи относительно влияния христианства на язычников VII–VIII веков, когда текст был написан.
Расшифровка хотя бы части египетских письменных памятников. Когда из всяких птичек и змей рождается какая-то связная мысль, беспокоившая автора 3 тыщи лет назад... Тут нельзя не впечатлиться.
Расшифровка — это всё же лингвистика, а не филология. Вот после неё уже филологи работают :)